La metodología del Instituto-Escuela implantó para el aprendizaje de las materias un sistema de “notas, resúmenes y cuadernos” elaborados por el propio alumno bajo la orientación de sus respectivos profesores. En los cuadernos de clase, los alumnos recogían las intervenciones del profesor, que siempre aspiraban “a ser un sistema de exposición, conversación y experimentos para hacer pensar a los alumnos y ofrecerles, en la medida de su interés y capacidad perceptiva un contenido de conocimientos.”
