Directores
Desde su creación en 1845, hasta 1936, varios han sido los directores del instituo de San Isidro. Durante su gobierno, una de sus tareas principales, fue la de conseguir los recursos necesarios para modernizar las dependencias del insituto para adecuarlas a las necesidades que requerían las enseñanzas.
Juan Díaz de Baeza
Fue el primer directo del instituto. Tomó posesión de su cargo en 1847 y lo detentó hasta su muerte en 1858. Aclimató el instituto a las estructuras estatales y centralizadoras de la enseñanza. Reconvirtió el Centro para adaptarlo a las nuevas necesidades. Su preocupación principal se centró en buscar el punto de unión entre los Estudios, centro selectivo, continuador de las costumbres de buena educación, maneras y portes de sus alumnos y el Instituto, de carácter más público, menos selectivo y cada vez más social
Antonio de la Corte y Ruano Calderón
Ocupó el cargo en 1859 hasta que diez años después, en 1869, las autoridades revolucionarias, lo cesaron. Centró sus esfuerzos como director en buscar una infraestructura económica para el instituto, por lo que se impone la compleja tarea de aportar a la Administración los datos y las razones suficientes para la reclamación de los bienes propios del instituto, desamortizados en su tiempo. También se preocupó por aumentar el servicio del Instituto a la sociedad con la solicitud de creación de un Real Colegio de alumnos internos, que no consiguió.
Francisco Vallespinosa y Bustos
Dirigió el instituto durante cinco meses entre 1869 y 1870
Sandalio Pereda y Martínez
Tuvo un mandato largo (1870-1886) interrumpido por su muerte.
Se le considera el verdader creador del Gabinete de Historia Natural, en el que pasó el número de ejemplares de 206 a 12.000.
José Ceruelo y Obispo
Fue director del instito entre 1891 y 1903
Manuel Zabala
Fue catedrático en Valencia y alcalde de esta ciudad, también diputado en Cortés. Dirigió el insituto durante varios años.
Miguel Aguayo
Enrique Barrigón
Catedrático de Latín que dirigió el insituto hasta la guerra civil. Con motivo del traslado de la biblioteca de Filosofía y Letras a los nuevos edificios de la Ciudad Universitaria pudo iniciar los proyectos de futuras amplaciones.
Enrique Rioja Lo-Bianco
Dirigió el instituto durante la guerra civil. Tras la contienda tuvo que marcharse a Méjico
El cargo de secretario lo ocuparon: Mariano Huerta (1845-1858); Sandalio Pereda (1859-1870); Mariano Muñoz Herrera (1870-1875); Bernardo Rodríguez Lago (1875-1899); Elías Alfaro Navarro (1900-1915); Luis Olbés Zuloaga (1916-1935); Miguel Álvarez Farelo (1936)